Idea założenia Fundacji narodziła się w sercu Jana Pawła II na początku jego pontyfikatu. „Papież z dalekiego kraju” odczuwał potrzebę zbudowania trwałego mostu współpracy między Europą Środkowo-Wschodnią a Zachodem, opierając się na teologii, historii i kulturze.

Szczególnie ważne w tym zbliżeniu było otwarcie się na licznych pielgrzymów, którzy przybywali do Wiecznego Miasta, głównie z Polski, i zapewnienie im duszpasterskiej opieki. Pojawiła się zatem konieczność utworzenia instytucji koordynującej te działania.

W związku z tym 16 października 1981 roku Jan Paweł II ustanowił Watykańską Fundację, której patronował osobiście.