Die Idee zur Gründung der Stiftung entstand im Herzen von Johannes Paul II. zu Beginn seines Pontifikats. Der „Papst aus einem fernen Land“ verspürte die Notwendigkeit, eine dauerhafte Brücke der Zusammenarbeit zwischen Mittel- und Osteuropa und dem Westen zu bauen, basierend auf Theologie, Geschichte und Kultur.

Besonders wichtig bei dieser Annäherung war die Öffnung für die zahlreichen Pilger, die in die Ewige Stadt kamen, hauptsächlich aus Polen, und ihnen pastorale Betreuung zu gewährleisten. Daher wurde es notwendig, eine Institution zu schaffen, die diese Aktivitäten koordinieren konnte.

Zu diesem Zweck gründete Johannes Paul II. am 16. Oktober 1981 die Vatikanische Stiftung, deren Schirmherr er persönlich war.