La idea de fundar la Fundación nació en el corazón de Juan Pablo II al inicio de su pontificado. El «Papa venido de un país lejano» sentía la necesidad de construir un puente duradero de colaboración entre Europa Central y Oriental y Occidente, basado en la teología, la historia y la cultura.

Particularmente importante en este acercamiento era la apertura a los numerosos peregrinos que llegaban a la Ciudad Eterna, principalmente desde Polonia, y garantizarles asistencia pastoral. Por lo tanto, se hizo necesaria la creación de una institución que coordinara estas actividades.

Con este fin, el 16 de octubre de 1981, Juan Pablo II estableció la Fundación Vaticana, de la cual fue patrón personalmente.