Идея создания Фонда родилась в сердце Иоанна Павла II в начале его понтификата. «Папа, пришедший из далекой страны», чувствовал необходимость построить прочный мост сотрудничества между Центральной и Восточной Европой и Западом, основанный на теологии, истории и культуре.

Особенно важным в этом сближении было открытие для многочисленных паломников, прибывающих в Вечный город, главным образом из Польши, и обеспечение их пастырской поддержкой. Поэтому стало необходимым создать учреждение, которое бы координировало эту деятельность.

С этой целью 16 октября 1981 года Иоанн Павел II учредил Ватиканский Фонд, покровителем которого он лично являлся.